一、抑癌基因甲基化与肿瘤(论文文献综述)
孙大鹏[1](2021)在《肝癌发生过程中DNA超甲基化修饰调节抑癌基因ZNF334表达的研究》文中研究表明【研究背景和目的】原发性肝细胞癌具有发展迅速、手术切除率低、易复发转移的特点,其病死率较高,且术后生存率较低,是晚期肝硬化病人死亡的主要原因。肝脏异型增生结节是肝硬化背景下发生的结节性增生性病变,是从影像学和病理学上更偏向于肝癌的一种癌前病变。临床中发现早期小肝癌在行根治术后仍具有较高的复发率,提示肝癌发生早期可能已经具备很强的转移特性。因此有关肝癌早期,甚至肝癌发生前期的表观遗传学修饰改变及其调控机制的研究,对实现肝癌早诊断早治疗、提高肝癌病人生存率具有重要意义。本研究旨在系统性揭示肝癌发生前期和早期DNA甲基化修饰的改变,找到驱动肝癌发生的DNA甲基化位点,并阐明相关驱动型DNA甲基化位点调控的下游基因的生物学功能,从而为肝癌的早期诊断及精准治疗提供新的靶点和临床依据。【研究方法】招募5例具有慢性乙型肝炎感染背景并且临床诊断为原发性肝癌及病理诊断为早期肝癌伴肝脏异型增生结节的患者,将其肝硬化组织、异型增生结节组织、早期肝癌组织进行Infinium?Human Methylation EPIC,V1.0 DNA甲基化芯片检测,以明确肝癌发生不同阶段过程中超甲基化和低甲基化修饰的主要发生阶段,以及发生甲基化改变的相关基因。将筛选得到的基因进行基因功能富集分析,找到与肿瘤发生明显有关的基因集(TP53靶基因)。随后利用生物信息学分析,将差异性甲基化位点数据、GEO数据库中P53蛋白结合位点的Ch IP-seq数据以及P53的DNA结合模序数据进行整合,筛选出P53下游的关键抑癌基因ZNF334。同时,利用Mass Array Sequenom甲基化质谱,对配对的癌与癌旁临床样本进行ZNF334基因启动子区甲基化水平高低的检测,进一步验证甲基化芯片的结果。此外,本研究还通过双荧光素酶报告系统、染色质免疫共沉淀等方法,对P53调控ZNF334基因的表达机制进行了探索。随后,通过一系列体内外实验对DNA甲基化修饰所调控的下游关键抑癌基因ZNF334的生物学功能进行研究。最后,通过检测临床样本中ZNF334的表达及结合病人随访数据,对ZNF334与临床预后进行相关性分析。【研究结果】1、肝硬化肝组织、异型增生结节组织以及肝癌组织中DNA甲基化谱系存在明显差异;在肝癌的发生过程中,DNA超甲基化修饰主要发生在从肝硬化到异型增生结节的过程中,并且主要发生在与抑癌基因相关的基因组位置。2、P53下游靶点基因集是肝癌发生早期DNA超甲基化修饰改变的主要富集基因集。3、ZNF334是受P53调控的下游关键抑癌基因。4、与癌旁组织相比,癌组织中抑癌基因ZNF334启动子区域甲基化程度较高。5、ZNF334可在体内水平抑制肝细胞癌的增殖,促进肝细胞癌的凋亡;同时也能在体外水平,抑制肝细胞癌的发生。6、与ZNF334低表达肝癌患者相比,高表达者总体生存期和无复发生存期更长,预后更好。【研究结论】本研究首次运用了甲基化芯片技术构建了肝硬化、异型增生结节以及肝癌组织序贯DNA甲基化表达谱,明确了超甲基化修饰是肝癌发生早期发生的关键事件。并通过生物信息学手段,筛选出在肝癌发生早期,经DNA超甲基化修饰,且被P53调控的下游关键抑癌基因——ZNF334,并从体内和体外水平证明其可以抑制肝癌的发生。同时确认了ZNF334可以作为一个临床指标,用于判断肝癌患者的预后。相关的结果在发现新的肝癌治疗靶点,以及提高肝癌的早诊早治方面,具有十分重要的意义。
秦宇[2](2020)在《食管癌和癌前病变组织中CDKN2A/P16基因DNA甲基化和拷贝数缺失状态及其应用的探索研究》文中进行了进一步梳理研究背景我国食管癌负担甚重,全球50%以上的食管癌病例来自我国。以内镜为主的现行筛查技术方案人群预防效果明显,主要适用于在高发区人群直接开展内镜筛查。该方案目前面临的主要问题是:由于缺乏高危人群浓缩和高危个体预测分子生物学指标,筛查效率和效益较低,难以迅速在一般人群中大范围推广应用。肿瘤抑制基因CDKN2A/P16基因(以下简称P16基因)的遗传/表观遗传失活是食管癌发生过程中的早期事件,在食管癌组织中该基因拷贝缺失频率高达60%以上。目前对于P16的遗传和表观遗传失活在食管癌发生过程中的变化规律,不同取样方法的一致性,及其与环境危险因素暴露之间的关系,是否可用于食管癌初筛及癌前病变预测预警均缺乏研究。研究目的本研究依托我国食管癌高发区人群筛查队列资源,分析食管癌组织中P16基因DNA甲基化和拷贝缺失的发生情况,并评价食管癌组织内的异质性对P16基因DNA甲基化检测结果的影响;分析P16基因DNA甲基化和拷贝缺失在食管癌发生过程中不同阶段的内镜活检组织、脱落细胞中的发生情况及其用于食管癌早期筛查的可行性;探索食管海绵球检查的人群接受性和脱落细胞采样效率,旨在为我国食管癌内镜早诊早治和筛查方案优化提供证据。材料与方法在食管癌高发区肿瘤专科医院招募住院病例,收集食管癌的癌及癌旁组织,检测P16基因DNA甲基化和拷贝数缺失情况;独立设计系统取样方法,收集食管癌患者手术组织的肿瘤模拟内镜活检组织及对应肿瘤部位切检组织和癌旁模拟内镜活检组织,对所有组织进行病理诊断和P16基因DNA甲基化,定量评价食管肿瘤异质性对病理诊断和P16基因DNA甲基化的影响。依托河南林州上消化道肿瘤筛查人群队列,收集不同级别的食管癌及癌前病变的常规内镜活检组织标本,内镜下刷取脱落细胞标本,分别对其进行P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失检测,对比分析不同病变级别、不同方法取样标本的P16基因DNA甲基化阳性率,明确不同类型标本P16基因DNA甲基化的检测一致性;以组织病理诊断为金标准,结合环境暴露危险因素等信息,建立预测预警模型,评价P16基因DNA甲基化在食管癌及其癌前病变的初筛中的应用效果。依托人群筛查队列,首先应用食管海绵球收集食管脱落细胞标本,进行食管海绵球检查的接受性问卷调查,开展内镜检查,内镜下客观同步评价海绵球采样对食管粘膜的影响;提取海绵球采样的脱落细胞标本DNA,评价食管海绵球检查的人群接受度及食管脱落细胞标本采集的有效性。利用P16基因DNA甲基化诊断性测定方法和刚创建的该基因拷贝缺失定量检测方法,分别采用荧光PCR技术为基础的MethyLight和P16Light方法进行P16基因DNA甲基化和拷贝数缺失的检测。结果判定:以COLA2A为内参基因(Ct<29.3),当3个平行检测管中至少2个甲基化P16基因扩增的Ct值<40,样品定义为P16基因DNA甲基化阳性;分别计算待测样品(癌、癌前病变组织)和参照样品(癌旁组织、白细胞)的P16相对拷贝数,若待测样品P16相对拷贝数比例低于参照样品的20%且p<0.05时,该样品定义为拷贝数缺失阳性。采用紫外分光光度仪和荧光定量PCR对食管海绵球获取的标本进行DNA浓度和β-ACT基因表达水平检测。采用SPSS 26.0软件对研究数据进行整理和统计学分析,显着性α为0.05。同一研究对象的癌、癌旁组织的P16基因DNA甲基化的Ct值差异比较采用配对样本的t检验;不同组间研究对象的P16基因DNA甲基化和拷贝数缺失阳性率的差异比较和趋势判断采用卡方检验。选取多因素Logistic回归分析中:1)p<0.05;2)p<0.25,OR>1.7或OR<0.5的因素进入回归模型。采用灵敏度、特异度、AUC等来描述各指标对食管病变的诊断准确性。研究结果1.常规取样食管癌组织中P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失阳性率分别为63.0%(51/81)、66.7%(54/81),单因素分析提示:P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失与年龄、肿瘤体积和肿瘤分期等因素有关。P16基因DNA甲基化与拷贝数缺失存在显着相关性(p<0.01),一致率为54.3%。早期食管癌组织中两个指标的联合检出率达88.8%,提示两者之间可能存在互补性。2.系统采样法收集组织中,配对的切检取样和模拟内镜活检取样组织的病理诊断一致率为65.0%;P16基因DNA甲基化阳性率分别为85.0%、68.9%,一致率为55%。癌旁组织的病理诊断异常率和P16基因DNA甲基化阳性率为15.7%、54.9%,并随其距肿瘤边缘距离的增加而下降。3.在内镜活检食管癌和癌前病变组织标本中P16基因DNA甲基化和拷贝数缺失的阳性率分别为20.9%和37.2%。P16基因DNA甲基化与研究对象的年龄、病变级别呈正相关,而拷贝数缺失阳性率仅与病变级别有显着关系。拷贝数缺失对不同级别病变诊断的准确性均高于甲基化,并联两个指标后的准确性均高于单独诊断,并在低级别上皮内瘤变及以上病变中达到最大值,灵敏度为58.8%,特异度为 95.2%,AUC 为 0.72(0.61-0.83)。4.食管脱落细胞标本P16基因DNA甲基化的总体阳性率为18.1%(19/105)。正常/炎症、低级别、高级别癌前病变、癌的阳性率分别为4.8%(3/62)、25.0%(3/12)、37.5%(3/8)、43.5%(10/23),随着病变级别的增加逐步升高。单独采用食管脱落细胞P16基因DNA甲基化检测时,对高级别上皮内瘤变及以上病变的准确性最高,灵敏度、特异度分别为41.9%、91.9%,AUC为0.67(95%CI:0.55-0.79)。结合P16基因DNA甲基化后的环境暴露多因素Logistic回归模型对食管病变的预测准确性显着高于单纯的人群危险因素模型,对低级别及以上病变的准确性最高,灵敏度和特异度分别为86.1%、87.1%,AUC为0.93(95%CI:0.88-0.98)。5.内镜刷取的脱落细胞标本P16基因DNA甲基化在低级别及以上病变中的阳性率为37.2%(16/43),显着高于活检组织标本的20.9%(9/43)。以组织病理诊断为金标准,P16基因DNA甲基化在食管癌(手术/活检组织)、高级别、低级别病变和正常/炎症中的阳性率分别为62.6%(72/115)、44.8%(13/29)、34.3%(12/35)和15.0%(25/167),与病变级别呈现正向相关趋势(p<0.01)。6.80.0%受试者食管海绵球检查过程中没有出现难以忍受的痛苦和焦虑,50.0%的受试者出现了窒息感或呕吐感。海绵球检查对粘膜的影响较轻,主要是“无出血的浅表粘膜磨损”。食管海绵球可有效获取食管脱落细胞,DNA平均浓度为146.4ug/uL,经25、50倍稀释后,其β-ACT基因的平均Ct值分别为26.67和27.81。研究结论1.P16基因DNA甲基化和拷贝数缺失在食管癌组织中均广泛存在,二者在食管癌的早期诊断和筛查方面有潜在的应用前景。2.食管肿瘤异质性会显着影响肿瘤组织标本中P16基因DNA甲基化的检测结果。食管肿瘤中心部位组织在病理诊断、P16基因DNA甲基化检测方面更具有代表性,癌旁组织的P16基因DNA甲基化状态与其距肿瘤的距离密切相关。3.P16基因DNA甲基化和拷贝数缺失阳性率与食管病变级别密切相关。食管脱落细胞P16基因DNA甲基化检测可有效发现食管癌及癌前病变,结合P16基因DNA甲基化的预测模型在食管癌初筛方面具有潜在的应用价值。4.食管海绵球检查可有效获取食管脱落细胞,且人群接受性良好,有望用于食管癌人群初筛。
史抗[3](2019)在《LZTS1蛋白和基因在肺癌中的表达及其基因启动子区甲基化的初步研究》文中进行了进一步梳理研究背景:全球及我国范围内,肺癌位居因癌症导致死亡排名的首位,可以分为非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)和小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)两大类。NSCLC又可以根据不同的组织学类型进行分类,包括腺癌、鳞癌、神经内分泌癌、腺鳞癌、肉瘤样癌等。亮氨酸拉链假定肿瘤抑制基因1(leucine zipper putative tumor suppressor 1,LZTS1)位于8号染色体短臂(8p)21.3附近,能够编码一个67kd的亮氨酸拉链蛋白,亮氨酸拉链蛋白是富含亮氨酸重复序列超家族之一,且该蛋白大部分位于细胞质,少部分位于细胞核内。多项研究表明LZTS1基因普遍表达于多种正常组织,并且LZTS1基因在许多种类肿瘤的发生发展过程中有一定的抑癌作用,这些肿瘤包括前列腺癌、肺癌、胃癌、头颈癌、乳腺癌等。有文献报道103例肺癌中有27例LZTS1基因表达缺失,43例LZTS1基因表达减少,同时结果表明LZTS1基因表达水平与肿瘤的分级呈正相关。因此LZTS1基因在肺癌的发生发展过程中起重要作用,但是其作为抑癌基因的失活机制尚未研究清楚。传统观点将抑癌基因的失活归因为基因突变、染色体缺失等,但DNA的异常甲基化为LZTS1基因的失活提供了另一种可能的解释。因此本实验将检测LZTS1蛋白及其基因在肺癌组织中的表达水平,同时比较肺癌组织与血浆循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)中LZTS1基因表达状态的一致性,分析同一肺癌组织样本中LZTS1蛋白与基因表达水平之间的关系,阐述LZTS1基因在肺癌发生发展过程中的作用,并检测LZTS1基因编码区是否存在突变以及LZTS1基因启动子区甲基化状态。第一部分LZTS1蛋白在肺癌组织中的表达研究方法:选取60例手术切除的肺癌组织标本,且术后常规病理证实为肺癌,应用免疫组织化学法(immunohistochemistry,IHC)检测LZTS1蛋白在肺癌组织中的表达水平,并同时分析肺癌组织LZTS1蛋白表达与临床病理特征间的关系。研究结果:1.LZTS1蛋白在原发性肺癌组织中表达发生改变,60例肺癌组织中LZTS1蛋白表达缺失和/或下降率为65%(39/60)。2.TNM分期越晚、吸烟指数越高,LZTS1蛋白表达缺失和/或下降的比率越高。3.LZTS1蛋白表达下降和/或缺失与肺癌的进展有关,可能会导致肿瘤细胞更容易发生转移。第二部分LZTS1基因在肺癌组织、正常肺组织以及ctDNA中的表达研究方法:选取50例肺癌手术病例(其中23例与第一部分中检测LZTS1蛋白表达样本为同一病例),提取肺癌组织、正常肺组织中的总RNA,应用反转录PCR(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)法检测 LZTS1 基因在肺癌组织、正常肺组织中的表达,同时提取血浆中DNA,应用PCR法检测血浆ctDNA中LZTS1基因的表达,比较肺癌组织和血浆ctDNA中LZTS1基因表达的一致性,分析肺癌组织LZTS1基因表达水平与临床病理特征间的关系,并对同一肺癌组织样本LZTS1基因与LZTS1蛋白表达水平间的关系进行分析。研究结果:1.LZTS1基因在原发性肺癌组织中表达发生改变,50例肺癌组织中LZTS1基因表达下降(+/-)16例(16/50,32%),表达缺失(-)16例(16/50,32%),表达正常(+)18 例(18/50,36%)。2.吸烟指数越高,肺癌组织LZTS1基因表达缺失或/和下降的发生率越高。3.肺癌组织与血浆ctDNA中LZTS1基因表达状态二者间有较好的一致性(p=0.000,Kappa 值=0.791,p<0.05 且 0.791>0.75)。4.肺癌组织LZTS1基因与LZTS1蛋白表达情况二者间具有较显着的相关性。第三部分LZTS1基因编码区检测研究方法:在LZTS1基因表达正常但LZTS1蛋白表达下降的2例和表达缺失的3例样本中各选取1例,提取样本肺癌组织中的DNA,设计引物后对其进行PCR扩增,对扩增产物进行测序,分析LZTS1基因编码区是否存在基因突变。研究结果:1.LZTS1基因编码区922号碱基位点C→T突变,突变后该位点编码氨基酸不发生改变,该突变为同义突变。2.LZTS1基因编码区1168号碱基位点G→A突变,突变后该位点编码氨基酸不发生改变,该突变为同义突变。3.LZTS1基因编码区1949号碱基位点G→A突变可以导致该位点编码氨基酸的改变,该突变为错义突变。第四部分LZTS1基因启动子区甲基化检测研究方法:提取6例肺癌细胞系的基因组DNA,用重亚硫酸盐处理,然后用MSP法扩增基因组DNA,2%琼脂糖凝胶电泳,回收凝胶电泳PCR产物后连接T载体、转染及鉴定后应用直接测序法检测LZTS1基因启动子区甲基化状态。研究结果:1.肺癌细胞系中不同肿瘤来源的细胞系LZTS1基因启动子区甲基化程度不一致。2.肺癌细胞系中LZTS1基因启动子区甲基化程度高,平均甲基化频率为66.67%。结论:1.LZTS1蛋白及基因在原发性肺癌组织中表达发生改变。2.LZTS1蛋白表达下降和/或缺失与肺癌的进展有关,可能导致肿瘤细胞更容易发生转移。3.肺癌组织与血浆ctDNA中LZTS1基因表达状态二者间有较好的一致性(p=0.000,Kappa值=0.791,p<0.05且0.791>0.75)。4.肺癌组织LZTS1基因与LZTS1蛋白表达情况二者间具有较显着的相关性。5.LZTS1基因编码区1949号碱基位点G→A突变可以导致该位点编码氨基酸的改变。6.肺癌细胞系中LZTS1基因启动子区甲基化程度高,平均甲基化频率为66.67%。
陈庆峰[4](2018)在《头颈副神经节瘤基因型和表观遗传型差异分析》文中进行了进一步梳理目的:研究和探讨头颈部副神经节瘤患者临床差异化与患者的基因型和表观遗传型的关联性,颈静脉球体瘤中多种凋亡相关基因启动子甲基化状态以及临床意义。方法:回顾性收集了37例(男17例,女20例)2010年至2015年在上海交通大学附属新华医院接受手术切除的HNPGLs患者的病例资料,同时留取37例患者的肿瘤组织与外周血,并提取基因组DNA。采用DNA直接测序法对琥珀酸脱氢酶复合体(Succinate dehydrogenase complex)A、B、C、D(SDHA,SDHB,SDHC,SDHD)、琥珀酸脱氢酶复合物组装因子2(succinate dehydrogenase complex assembly factor 2,SDHAF2)的DNA进行测序。使用基化特异性PCR(MSP)检测37例患者的肿瘤组织的一组抑癌基因(p16,HIC1,DcR1,DcR2,DR4,DR5,CASP8,HSP47,MGMT以及RASSF1A)的CpG岛的甲基化情况,实时荧光定量PCR检测HIC1,DcR2以及DR5基因的mRNA的表达水平。同时采用甲基化特异性PCR(MSP)检测12例颈静脉球体瘤中四个凋亡相关基因DcR1、DcR2、DR4、DR5启动子甲基化状态。将患者在住院期间的临床资料和相关数据与基因测序和甲基化结果,进行统计学分析,得出相关结论。结果:直接基因测序结果显示37例患者中有10例患者的SDH基因出现遗传性突变,对SDH基因突变和非突变患者的临床特征进行比较发现,出现SDH基因遗传性突变HNPGLs患者有更明显的表现型,包括早期的形成,多重病变抑或恶性肿瘤。37名HNPGLs患者中,SDH突变与抑癌基因甲基化数量之间存在明显的相关性。在SDH突变的患者中甲基化的抑癌基因比没有出现SDH基因突变的甲基化抑癌基因数量多。12例颈静脉球体瘤均存在甲基化,DcR1、DcR1、DR4、DR5在颈静脉球体瘤中均存在不同程度的甲基化,甲基化比率DcR1 36.4%、DcR2 41.7%、DR4 75.0%、DR533.3%;正常对照中均无甲基化。且甲基化水平较高(MI>0.50)的患者较甲基化水平低(MI≤0.05)的患者发病年龄早(P=0.0189)。结论:抑癌基因的表观遗传学的改变在SDH基因突变的头颈部副神经节瘤患者的形成过程中起到一个关键的作用。DcR1、DcR1、DR4、DR5在颈静脉球体瘤中均存在甲基化,且与肿瘤的发生相关,甲基化水平高提示患者发病早,疾病较为严重。
钟世彪[5](2015)在《早期散发性结直肠癌全基因组甲基化谱特征分析及早期诊断标志物的筛选》文中提出第一部分早期散发性结直肠癌全基因组甲基化谱特征分析目的:分析早期散发性结直肠癌肿瘤组织DNA、肿瘤患者粪便提取DNA及正常直肠粘膜组织DNA的全基因组甲基化谱特征。方法:利用全基因高通量芯片技术(Infmium 450K Methylation BeadChip甲基化芯片),分别对早期散发性结直肠癌肿瘤组织DNA、肿瘤患者粪便提取DNA及正常直肠粘膜组织DNA进行全基因组甲基化谱扫描。将芯片原始数据应用微阵列显着性分析软件(Significance Analysis of Microarrays,SAM)进行数据分析和筛选,初步构建早期散发性结直肠癌肿瘤组织DNA、肿瘤患者粪便提取DNA及正常直肠粘膜组织DNA的全基因组甲基化谱信息,并描述、对比其特征。结果:全基因组甲基化芯片原始数据通过微阵列显着性分析(SAM)分析、筛选,并结合生物分析软件(GO、KEGG等)进行基因聚类分析和基因生物学通路分析,最后发现早期散发性结直肠癌肿瘤组织DNA与肿瘤患者粪便提取其全基因组甲基化谱的DNA甲基化分布特征相似,它们与正常直肠粘膜组织全基因组甲基化谱的DNA甲基化分布情况存在显着差异。应用GO等生物分析软件富集分析发现有179个基因集在早期散发性结直肠癌组织DNA、肿瘤患者粪便提取DNA与正常直肠粘膜组织DNA之间存在差异。进一步通过KEGG等生物通路软件分析发现19个信号通路在早期散发性结直肠癌组织DNA、肿瘤患者粪便提取DNA与正常直肠粘膜组织DNA之间存在显着差异。结论:早期散发性结直肠癌组织DNA与肿瘤患者粪便提取DNA全基因组甲基化谱的DNA甲基化情况相似,这两者与正常直肠粘膜组织DNA全基因组甲基化谱的DNA甲基化情况存在差异。这些筛选出来异常的DNA甲基化位点可能对早期散发性结直肠癌的发生、发展起着重要作用,反映DNA甲基化是早期散发性结直肠癌的频发事件,说明早期散发性结直肠癌的发生发展是多个癌基因或抑癌基因共同作用的结果。第二部分 基于甲基化芯片的差异甲基化基因的筛选目的:通过对早期散发性结直肠癌肿瘤组织DNA、肿瘤患者粪便提取DNA及正常直肠粘膜组织DNA的全基因组甲基化谱的甲基化芯片的原始数据进行分析,结合多个生物信息软件的筛查,筛选出可能具有调控基因表达的DNA甲基化基因(功能性的DNA甲基化基团)。方法:将早期散发性结直肠癌肿瘤组织DNA、肿瘤患者粪便提取DNA及正常直肠粘膜组织DNA的全基因甲基化谱进行对比、分析,通过分析软件(SAM等)筛选具有差异表达的甲基化基因。将筛选出的具有差异表达的甲基化基因导入生物信息软件进行基因集聚、生物信号通路等分析,挖掘功能性的DNA甲基化基团。结果:通过生物信息软件基因集聚、生物信号通路等对早期散发性结直肠癌肿瘤组织DNA、肿瘤患者粪便提取DNA与正常直肠粘膜的全基因甲基化谱的分析,发现了 179个与正常直肠粘膜组织DNA全基因甲基化谱甲基化表达有显着差异。其中应用KEGG信号通路分析,发现这些甲基化差异表达的基因参与了 19个肿瘤相关的信号通路。结论:早期散发性结直肠癌的发生、发展过程中,可能多个肿瘤相关信号通路受DNA异常甲基化的调控影响,这些异常的DNA甲基化基因可能共同参与了早期散发性结直肠癌的发生、发展,反映出早期散发性结直肠癌的发生、发展是一个多信号通路共同参与的复杂性疾病,也揭示了早期散发性结直肠癌是一个多基因参与的疾病。这为进一步揭示早期散发性结直肠癌的分子生物学机制提供参考。第三部分 差异基因在肿瘤、粪便及正常组织中的甲基化差异及对早期散发性结直肠的诊断价值目的:检测、分析比较差异表达基因RP5在散发性结直肠癌肿瘤组织DNA、肿瘤患者粪便提取DNA及正常直肠粘膜组织DNA中的甲基化情况,并评价将其应用于早期散发性结直肠癌筛查、诊断的应用价值。方法:收集早期散发性结直肠癌肿瘤组织30例,结直肠癌患者粪便30例和正常直肠粘膜组织30例。应用巢式-甲基化特异性PCR(nMSP)结合琼脂糖凝胶电泳检验差异表达基因RP5在散发性结直肠癌肿瘤组织DNA、肿瘤患者粪便提取DNA及正常直肠粘膜组织DNA中的甲基化情况,并比较其差异,最后BSP法测序验证。本研究采用软件SPSS17.0做统计分析。如果是计量资料,则采用t检验;如果是计数资料,则采用x2分析。结果:经电泳发现,肿瘤组中30例样本,22例出现甲基化(73.3%),粪便组中30例样本,19例出现甲基化(63.3%),对照组中3例样本,2例出现甲基化(6.6%);经x2统计分析比较组间数据,比较显示差异表达基因RP5在肿瘤组中的甲基化频率(73.3%)明显高于对照组的甲基化频率(6.6%),两者差异有统计学意义(X2=29.584,P<0.001);粪便组中的甲基化频率(63.3%)明显高于对照组的基化频率(6.6%),两者差异有统计学意义(X2=21.582,P<0.001);而肿瘤组与粪便组的甲基化频率相比较,两者差异无统计学意义(X2=0.132,P>0.05)。结论:差异表达基因RP5在早期散发性结直肠癌肿瘤组织DNA和肿瘤患者粪便提取DNA中的甲基化频率明显高于正常直肠粘膜组织DNA的甲基化频率。差异表达基因RP5有可能成为早期散发性结直肠癌早期筛查、诊断价值的分子标志物。特别是对粪便提取DNA的检测有可能成为通过粪便DNA早期筛查、诊断早期散发性结直肠癌的一种无创性检测手段。
柴秀坤,剧宏燕,白文元[6](2014)在《抑癌基因甲基化与结直肠癌临床关系的研究进展》文中研究指明结直肠癌(colorectal cancer,CRC),也称大肠癌是世界上发病率和死亡率均排第3位的恶性肿瘤性疾病,严重威胁着人类健康.随着人们生活水平的提高,饮食习惯和结构的改变,其发病率和死亡率增长迅速.近年来抑癌基因异常甲基化成为CRC的研究热点,他参与了肿瘤的发生、发展全过程.抑癌基因甲基化可广泛应用于CRC早期筛查和诊断、有效治疗、监测复发和转移及预后评估等,与CRC临床关系密切.本文主要从抑癌基因甲基化与CRC临床关系及其临床意义方面的研究进展做一简要综述.
史冬涛[7](2014)在《3号染色体短臂抑癌基因CpG岛甲基化表型与胃癌关系的研究》文中指出目的:利用已发表相关文献中的数据进行系统性Meta分析,以期明确RASSF1A基因启动子甲基化与胃癌发生的关系。方法:使用PubMed和Web of Science数据库搜索2013年7月以前所有相关文献。如果某研究属于病例-对照研究,且RASSF1A基因启动子甲基化的频率能在文中获取,那么该研究将被纳入我们的Meta分析。所有的数据由2位研究者独立检索并按照制定的数据收集标准进行收集。使用优势比(OR)及其95%可信区间(95%CI)来衡量RASSF1A基因启动子甲基化与胃癌风险之间的关系。使用基于卡方检验的Q检验和敏感性分析,评估不同研究间潜在的异质性,用漏斗图检验发表偏倚。结果:纳入文献11篇,共涉及研究病例1215例。将所有数据纳入Meta分析,结果显示RASSF1A基因启动子甲基化与胃癌风险有密切相关性(OR,12.67;95%CI,8.12-19.78;P<0.001),且纳入的文献之间不存在异质性。亚组分析进一步表明,RASSF1A基因甲基化的个体与未发生甲基化的个体相比,患胃癌的风险显着增加。整体和亚组分析均没有发现发表偏倚。结论:RASSF1A基因启动子甲基化显着增加胃癌的发病风险,RASSF1A基因启动子甲基化有希望成为潜在的胃癌风险预测因子。目的:研究3号染色体短臂(3p)抑癌基因启动子区CpG岛甲基化表型(CIMP)在胃癌及对照癌旁组织中表达状态,分析其与胃癌患者临床病理及预后的关系。方法:采用甲基化特异性PCR(MSP)方法检测100例胃癌组织及其对应癌旁组织中hOGG1、VHL、hMLH1、SEMA3B、RASSF1A、BLU、FHIT和RAR-B共8个抑癌基因启动子区甲基化表型状态。CIMP阳性定义为每份样本中同时有四个或多于四个基因同时甲基化。结果:100例胃癌组织样本中有99例(99%)表现出至少有一个基因的启动子区呈现甲基化,胃癌组织中hOGG1、VHL、hMLH1、SEMA3B、RASSF1A、BLU、 FHIT和RAR-B基因启动子区甲基化阳性率分别为7%、9%、58%、56%、43%、64%、67%和18%,对应癌旁组织中各基因甲基化阳性率分别为2%、2%、8%、35%、5%、55%、25%和13%。两组间VHL、hMLH1、SEMA3B、RASSF1A和FHIT基因的甲基化阳性率存在显着差异(P=0.030,P<0.001,P=0.003,P<0.001和P<0.001)。胃癌组织和对照癌旁组织中CIMP阳性率分别为44%和4%,两组间有显着差异(P<0.001)。胃癌组织CIMP阳性与肿瘤分化程度密切相关,分化程度越差其CIMP阳性率越高(P=0.004);与淋巴结转移亦显着相关,伴淋巴结转移者其CIMP阳性率较无淋巴结转移者显着增高(P=0.005);与其余病理特征包括性别、年龄、肿瘤直径、临床分期和TNM分期均无关(P>0.05)。CIMP阴性组和阳性组患者中位生存时间分别为31和15个月,生存率差异有统计学意义(P=0.009)。Cox回归多因素分析显示,CIMP是影响胃癌患者预后的独立因素(OR,4.3063;95%CI,1.7158-10.8084; P=0.002)。结论:3pCIMP阳性率在胃癌组织和正常胃黏膜中有显着差异,3pCIMP异常状态可能在胃癌形成的早期已经发生,可能影响肿瘤分化、导致淋巴结转移,可作为预测胃癌患者预后的重要指标。目的:研究3p CIMP在癌血样本和正常人外周血细胞样本中的阳性率差异,研究其与胃癌易感性的关系。方法:采用MSP方法检测100例胃癌外周血及70例正常人外周血白细胞中hOGG1、VHL、hMLH1、SEMA3B、RASSF1A、BLU、 FHIT和RAR-B共8个抑癌基因启动子区甲基化状态。结果:胃癌组和对照组hOGG1和VHL基因都未发现甲基化异常,故将这两个基因排除,胃癌组6个抑癌基因启动子区甲基化阳性率分别为:hMLH124.0%(24/100),SEMA3B62.0%(62/100),RASSF1A20.0%(20/100),BLU48.0%(48/100),FHIT50.0%(50/100)和RAR-B6.00%(6/100);对照组各基因甲基化阳性率明显降低:hMLH17.1%(5/70),SEMA3B28.6%(20/70),RASSF1A2.9%(2/70),BLU35.7%(25/70),FHIT25.7%(18/70)和RAR-B4.3%(3/70)。两组间hMLH1、SEMA3B、FHIT和RASSF1A基因甲基化阳性率有显着差异(P=0.004,P=0.000,P=0.001,P=0.001)。胃癌组与对照组血样中的CIMP阳性率分别为30%(30/100)和4.3%(3/70),两组间CIMP阳性率有显着差异(P<0.001)。3pCIMP阳性与肿瘤低分化及淋巴结转移密切相关(P=0.019,P=0.032)。Logistic回归分析显示, FHIT、hMLH1、SEMA3B、RASSF1A基因启动子区甲基化和3pCIMP阳性与胃癌风险有密切相关性(OR2.78,95%CI1.32-5.45; OR3.89,95%CI1.37-10.89;OR3.97,95%CI1.97-7.27; OR3.97,95%CI1.97-7.27; OR8.37,95%CI1.87-35.33; OR9.53,95%CI2.63-30.83),敏感性分别为50%、24%、62%、20%和30%,特异性分别为74.3%、92.9%、52.9%、97.1%和95.7%,阳性预测值分别为73.5%、82.8%、75.6%、90.9%和90.9%,准确度分别为60%、52.4%、65.9%、51.8%和57.1%。结论:胃癌患者和正常人对照的外周血细胞3pCIMP阳性率有显着差异,3pCIMP阳性可以显着增加胃癌的发病风险(OR9.53,95%CI2.63-30.83),将有可能成为胃癌有用的易感预测因子,3pCIMP阳性可能是胃癌低分化和淋巴结转移的预测指标。
罗一[8](2013)在《PTEN甲基化在骨肉瘤发生中的作用及5-Aza-CdR去甲基化对其MG-63细胞生物学行为的影响》文中研究表明骨肉瘤(Osteosarcoma)是起源于间胚叶组织的最常见的原发性恶性骨肿瘤,其生物学性状极为复杂,有关其发病机理仍未完全清楚,诊断和治疗的方法依然有限。现代医学认为,肿瘤的发生是一个多阶段、多因素和多基因综合作用的过程,其生物学本质是细胞内遗传调控和表观遗传调控的紊乱与失调。近年来以不基于基因序列改变为特征的表观遗传调控在肿瘤发生中的作用备受关注,其主要表现形式是DNA甲基化,它可以直接导致相关基因的表观遗传转录沉默。基因DNA甲基化有助于肿瘤发生的早期预测及预后评估。癌基因的低甲基化、抑癌基因的高甲基化和整体基因组的低甲基化是DNA甲基化失衡状态的三种经典现象,其中尤以抑癌基因的高甲基化与肿瘤的关系最为密切,它是抑癌基因转录失活的主要途径,甚至可能成为调控基因转录的唯一的机制。PTEN是迄今为止发现的第一个具有双特异性磷酸酶活性的抑癌基因,是抑癌基因家族中继P53发现后在人类肿瘤中突变及缺失率最高的又一明星分子。PTEN具有抑制肿瘤生长、促进细胞凋亡及抑制血管生成等作用,能负性调控PI3K/AKt及抑制MAPK的信号转导通路对肿瘤产生影响。已有研究表明在很多人类恶性肿瘤中都存在PTEN的异常甲基化,但关于其与骨肉瘤的关系却鲜见报道。了解骨肉瘤中PTEN的甲基化状态,对寻找骨肉瘤早期诊断可能的分子标志物具有重要的临床意义。由于DNA甲基化不涉及DNA序列改变,因此,它是一个可逆的表观遗传学修饰过程。任何一个基因的甲基化状态是一个甲基化和去甲基化的动态平衡过程,处于甲基化异常的抑癌基因对阻断其DNA甲基化的药物非常敏感,临床上可利用这种敏感性进行基因治疗。5-Aza-CdR是已被美国FDA批准应用于骨髓增殖异常综合征及急性粒细胞白血病临床治疗的去甲基化药物,它能在体内外激发DNA的去甲基化过程,导致被甲基化沉默的抑癌基因持续激活。目前已有5-Aza-CdR作用于乳腺癌、非小细胞肺癌及前列腺癌等肿瘤的相关研究,但其与骨肉瘤的关系的研究却还是空白。因此,探讨5-Aza-CdR对肿瘤的去甲基化作用机制对防治骨肉瘤亦具有重要的临床意义。本研究分成三个部分。第一部分,通过MSP技术检测骨肉瘤标本中PTEN的甲基化状态并将其与患者的临床病理参数结合进行分析,以期探讨PTEN甲基化在骨肉瘤发生中的作用及其相关预后影响因素,为探寻骨肉瘤早期诊断可能的分子靶标提供依据;第二部分,通过MSP技术对三株人骨肉瘤细胞MG-63、SAOS-2和U2-OS进行筛选,选取其中PTEN完全甲基化的一株细胞进行后续细胞学功能实验,以5-Aza-CdR对其进行去甲基化干预,探讨5-Aza-CdR作用的最佳浓度与时间、细胞的生物学行为及甲基化状态,为阐明5-Aza-CdR的体外去甲基化作用机制提供实验依据;第三部分,建立人骨肉瘤MG-63细胞荷瘤裸鼠模型,以5-Aza-CdR经尾静脉注射去甲基化干预4周,观测移植瘤体积生长的动态变化及检测移植瘤的病理形态学、PTEN蛋白表达及其甲基化情况,明确5-Aza-CdR的体内去甲基化作用机制。第一部分骨肉瘤中PTEN的甲基化情况及其与相关临床病理参数的关系目的明确骨肉瘤中抑癌基因PTEN的甲基化情况,寻找早期诊断可能的分子标志物。分析PTEN甲基化和骨肉瘤临床病理参数的关系,探讨PTEN甲基化对其相关预后影响因素的影响。方法采集于2001年4月~2011年4月间在湖南省肿瘤医院、中南大学湘雅二医院及湘雅医院进行治疗并确诊的46例骨肉瘤患者的病理标本,其中新鲜组织21例(同时采集癌旁组织21例)、石蜡标本25例,采用HE染色、免疫组化(S-P)法检测肿瘤组织的病理形态学及PTEN表达水平,然后采用甲基化特异性PCR (MSP)技术检测骨肉瘤组织中PTEN启动子区甲基化的状态;整合所纳入骨肉瘤患者的临床资料,采用x2检验或Fisher’s确切概率法分析PTEN启动子区甲基化与临床病理参数之间的关系。结果HE染色及免疫组化结果显示,骨肉瘤组织中病理形态学呈明显肉瘤特征,而PTEN表达较癌旁组织明显减少,两组比较有统计学差异(P<0.05)。 MSP结果显示,骨肉瘤组织中存在PTEN高甲基化状态,癌旁组织中呈低甲基化或未甲基化状态,两组比较差异有统计学意义(P<0.05)。 PTEN高甲基化与骨肉瘤的Enneking肿瘤外科分期(P=0.023)。 Price组织学分级(P=0.001)及肿瘤发生的部位(P=0.030)表现出显着的正相关(P<0.05),而与年龄、性别、病程及化疗前AKP水平等一般临床资料无明显相关(P>0.05)。PTEN高甲基化患者术后5年生存率明显低于PTEN低甲基化患者,两组比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论1、PTEN在骨肉瘤中表达下调,其DNA启动子区存在高甲基化状态,PTEN高甲基化是骨肉瘤早期发生的分子特征之一。2、PTEN高甲基化状态与骨肉瘤的病理分期及分级呈显着正相关,是其独立的预后影响因素之一。第二部分5-Aza-CdR去甲基化对人骨肉瘤MG-63细胞生物学行为及PTEN甲基化的影响目的筛选PTEN完全甲基化的骨肉瘤细胞株,明确5-Aza-CdR对骨肉瘤细胞的体外去甲基化作用及对PTEN甲基化的影响,证实PTEN负性调控骨肉瘤中PI3K/AKt信号转导通路的作用机制。方法选取三株经典的人成骨肉瘤细胞株MG-63、SAOS-2和U2-OS,用MSP法检测其中PTEN甲基化的情况,筛选出PTEN完全甲基化的一株细胞进行后续实验,以5-Aza-CdR对其进行去甲基化干预,同时筛选出PTEN甲基化状态被完全去除时5-Aza-CdR作用的最佳浓度及时间点,并检测该细胞的生物学行为及其PTEN甲基化的情况,采用Western-Blotting法检测经去甲基化干预后该细胞株中PI3K和AKt信号分子的蛋白表达水平。结果在三株人骨肉瘤MG-63、SAOS-2和U2-OS中,MG-63细胞中PTEN完全甲基化,其被5-Aza-CdR完全去甲基化的最佳浓度和时间点分别为10μmol/L和24h。PTEN被完全去甲基化后的MG-63细胞在细胞凋亡、细胞周期、细胞侵袭迁移能力等细胞生物学行为方面与处理前比较差异有统计学意义(P<0.05)。 Western-Blotting结果显示,经5-Aza-CdR干预的MG-63细胞中PI3K和AKt分子蛋白的表达水平较对照组明显降低,两者表现出统计学差异(P<0.05)。结论1、PTEN在人骨肉瘤MG-63细胞中完全甲基化;2、MG-63细胞中PTEN甲基化被5-Aza-CdR完全去除时具有时间和浓度的依赖性;3、5-Aza-CdR能对MG-63细胞的生物学行为产生影响,能增加肿瘤细胞的凋亡率、抑制细胞生长周期及降低细胞的侵袭转移能力;4、5-Aza-CdR能降低MG-63细胞中PI3K和AKt蛋白的表达水平,证实了PTEN负性调控MG-63细胞中PI3K/AKt信号转导通路的作用机制。第三部分5-Aza-CdR去甲基化对裸鼠模型移植瘤PTEN表达及其甲基化的影响目的构建人骨肉瘤MG-63细胞荷瘤裸鼠模型;探讨5-Aza-CdR对荷瘤裸鼠模型移植瘤的影响及其在动物体内的去甲基化作用机制。方法采用细胞悬液异种移植皮下接种法,将人骨肉瘤MG-63细胞单悬液以1×107/200μl的活细胞浓度接种于4~6周龄裸鼠左腋肩部皮下,共接种18只动物,构建荷瘤裸鼠模型。成功建模后,将实验动物分成实验组和对照组,每组9只动物;实验组以10μmol/L浓度、1μ/g剂量的5-Aza-CdR进行尾静脉注射行去甲基化干预,而对照组则注射等量的PBS溶液,4周后处死动物,解剖移植瘤,观测并动态比较两组移植瘤体积大小和病理形态学的变化。采用IHC免疫组化法检测两组移植瘤瘤体组织中PTEN的表达情况,采取MSP技术检测两组瘤体组织中PTEN的甲基化状态,以Western-Blotting法检测并比较两组瘤体组织中PTEN蛋白表达的情况。结果细胞接种4周后裸鼠移植瘤的大小为5mm3,表明成功地建立了人骨肉瘤MG-63细胞荷瘤裸鼠模型。两组裸鼠模型移植瘤体积大小动态比较,在5-Aza-CdR干预至第4周时两组瘤体体积大小比较差异有统计学意义(P<0.05),实验组优于对照组。IHC结果显示,实验组移植瘤中PTEN表达明显上调,较对照组有统计学差异(P<0.05)。MSP结果显示,实验组移植瘤中PTEN呈低甲基化状态,与对照组比较有统计学差异(P<0.05)。Western-Blotting结果显示,实验组移植瘤中PTEN蛋白表达量明显增加,较对照组比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论1、采用1×107/200μ1浓度的细胞悬液行皮下接种法能成功建立人骨肉瘤MG-63细胞荷瘤裸鼠动物模型;2、5-Aza-CdR能抑制人骨肉瘤MG-63细胞裸鼠模型移植瘤的生长,上调移植瘤中PTEN的表达,抑制其中PTEN的高甲基化状态,在体内发挥了其去甲基化作用。
戴亚丽,蔡德鸿,陈宏,张桦,张震,李静[9](2012)在《促进甲状腺激素受体和p16抑癌基因甲基化与乳头状甲状腺癌临床病理的关系》文中指出目的通过对乳头状甲状腺癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)两种抑癌基因:促甲状腺激素受体(thyroid stimulatinghormone receptor,tshr)和p16启动子甲基化的研究,分析其启动子甲基化与患者临床病理参数之间的关系,寻找PTC的发生机制,并探讨2个抑癌基因在PTC的发生中有无关联性。方法提取50例PTC组织和32例对照组织DNA,进行甲基化修饰,采用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)检测两种抑癌基因启动子区甲基化的情况;用测序方法证实甲基化的存在;采用SPSS13.0软件分析两种抑癌基因甲基化之间的关联性及两种抑癌基因启动子甲基化和主要的临床病理参数的关系。结果50例PTC中,有34例(68%)tshr基因、27例(54%)的p16基因启动子发生了甲基化;32例对照组中,2个抑癌基因的甲基化分别为7例(21.9%)和5例(15.6%),PTC组2个抑癌基因启动子甲基化率均显着高于对照组,差异有统计学意义(χ2值分别为16.61和12.08,P<0.05);2个抑癌基因相关性分析,tshr和p16之间不存在关联性(r=0.23,P>0.05);两种基因启动子在有淋巴结转移的PTC的甲基化率高于无淋巴结转移的病例(χ2值分别为5.82和5.10,P<0.05)。结论两种抑癌基因启动子甲基化与PTC的发生有关,两种基因启动子甲基化在PTC的发生中可能没有相关性,但在恶性进展中可能发挥一定作用。
刘玲[10](2012)在《新疆哈萨克族食管癌早期相关基因甲基化分析及功能研究》文中指出目的: DNA甲基化是肿瘤发生的早期分子事件,CpG岛局部甲基化异常早于细胞的恶性增生,因此基因启动子区高甲基化或低甲基化是肿瘤发生早期的一个高度灵敏的肿瘤生物标志物,可通过检测肿瘤相关基因的甲基化状态,为肿瘤的早期诊断、疗效观察及预后判断提供极为重要的信息。新疆哈萨克族食管癌是我区的特高发疾病,基于目前尚无系统的,在肿瘤发生前即可操作的早期预警体系,本课题拟从研究消化道肿瘤早期相关的原癌基因survivin,cdc42与抑癌基因p16,FHIT在哈萨克族食管癌组织中的mRNA差异表达入手,探讨其启动子区CpG岛甲基化状态与基因表达的关系,在此基础上进一步研究基因启动子区甲基化状态的改变对基因表达的调控及对细胞生物学功能的影响,为新疆哈萨克族食管癌早期预警指标体系的建立,早期诊断,治疗和预后提供理论依据。方法:1)哈萨克族食管癌组织中survivin、cdc42、p16和FHIT基因mRNA水平的表达检测:采集新疆哈萨克族食管癌组织及远端无癌组织标本48对,Trizol法提取总RNA,应用半定量RT-PCR技术检测4个消化道肿瘤早期相关基因在食管癌组织及远端无癌组织中的表达;2)哈萨克族食管癌中survivin、cdc42、p16和FHIT基因启动子区CpG岛的甲基化检测:应用Methprimer软件查找survivin、cdc42、p16和FHIT基因启动子区第一个CpG岛,并设计甲基化引物及非甲基化引物,用亚硫酸氢钠修饰基因组DNA之后运用甲基化特异性PCR技术(MSP)检测survivin、cdc42甲基化状态;利用高分辨率熔解曲线技术(HRM)检测p16和FHIT基因启动子区CpG岛甲基化程度,进而探究甲基化状态或程度差异与基因表达的关系;3)survivin及cdc42启动子区CpG岛重组载体的构建及甲基化状态对报告基因CAT活性的影响:重组体的构建:PCR扩增包含survivin、cdc42基因启动子区第一个CpG岛的DNA片段,及任意一段不含CpG岛的random序列,酶切后分组,一组体外甲基化酶修饰,另一组不修饰,分别与酶切的pCAT3-Enhancer载体相连,构建CpG island-pCAT3-Enhancer重组载体,将未甲基化修饰的重组体及pCAT3-Enhancer空载体转化至甲基化酶缺陷的大肠杆菌ER1793(Mcr-、Mrr-)中,将甲基化修饰的重组载体及pCAT3-Enhancer空载体转化至可持续甲基化状态的大肠杆菌JM109中。挑选阳性克隆,测序并检测甲基化程度;重组载体转染至食管癌细胞株Eca109中:将8种载体转染至食管癌细胞株Eca109中,37℃孵育48小时;报告基因氯霉素乙酰基转移酶(CAT)活性的检测:收获细胞,提取CAT基因表达产物,加C14标记的氯霉素后,用薄层层析法测定CAT活性,以此分析survivin,cdc42启动子区CpG岛甲基化对下游CAT活性调控能力的影响,确定基因启动子区甲基化差异对基因表达的影响。结果:1)在48对食管癌组织标本中,癌组织中survivin,cdc42,p16,FHIT阳性表达率分别为87.50%,97.92%,75.00,83.33%,远端无癌组织中阳性表达率分别为58.33%,100.00%,77.08%,85.42%。癌组织与远端无癌组织比较,survivin阳性表达率明显增高,差异有统计学意义(P<0.05)。cdc42,p16,FHIT阳性表达率癌组织与远端无癌组织之间差异无统计学意义(P>0.05)。survivin mRNA表达水平癌组织明显高于远端无癌组织,差异有统计学意义(P<0.05)。cdc42,p16,FHIT mRNA表达水平癌组织与远端无癌组织差异无统计学意义(P>0.05);2)在48例食管癌癌组织中,survivin mRNA的表达与淋巴结转移、临床分期、肿瘤侵犯深度具有相关性(r=0.379、0.488、0.393;P=0.017、0.002、0.019),与分化程度无相关性(P>0.05)。cdc42mRNA表达与临床分期,肿瘤分化程度具有相关性(r=0.452,r=0.325;P=0.003P=0.034),与淋巴结转移及侵润程度之间均无相关性(P>0.05)。p16mRNA表达与临床分期、分化程度、淋巴结转移及侵润程度之间均无相关性(P>0.05)。FHITmRNA表达与肿瘤临床分期具有相关性(r=0.338,P=0.035),而与分化程度、淋巴结转移及侵润程度之间均无相关性(P>0.05)。3)在20对食管癌标本中,癌组织中70%的survivin基因启动子区CpG岛为杂合型甲基化,远端无癌组织中75%的survivin基因启动子区CpG岛为杂合型甲基化,组织间杂合型甲基化状态无明显差异(P>0.05)。癌组织中有4例甲基化,其对应的mRNA表达水平均大于远端无癌组织;远端无癌组织中有4例甲基化,其对应的mRNA均未表达;4)在20对食管癌标本中,癌组织中有90%c的dc42启动子区CpG岛呈现出甲基化状态,远端无癌组织中有80%呈现为甲基化状态,组织间甲基化状态无明显差异(P>0.05)。且cdc42启动子区CpG岛甲基化状态与mRNA水平的表达无相关性;5)在20对食管癌标本中,癌组织及远端无癌组织中p16启动子区CpG岛甲基化例数均为20例,甲基化比例100%。p16启动子区CpG岛甲基化水平在癌组织及远端无癌组织无明显差异(P>0.05)。p16启动子区CpG岛甲基化水平与食管癌组织TNM分期具相关性(r=0.511,P=0.030),与组织分化,侵润程度,淋巴结转移均无相关性(P>0.05)。与其mRNA高阳性表达相比,甲基化与mRNA水平的表达无相关性;6)在20对标本中,FHIT启动子区CpG岛呈现低甲基化比例及水平。癌组织及远端无癌组织甲基化比例分别为35.00%和30%。甲基化水平均小于10%,且在癌组织及远端无癌组织无明显差异(P>0.05),甲基化水平与食管癌组织TNM分期,组织分化,侵润程度,淋巴结转移均无相关性(P>0.05)。与其mRNA高表达比较,提示低甲基化水平可能未影响基因的表达;7)甲基化及非甲基化的pCAT3-Enhancer载体,转染至食管癌细胞株中,甲基化的载体下游报告基因CAT酶的活性显着低于非甲基化的载体;8)甲基化及非甲基化的Random-pCAT3-Enhancer重组载体,转染至食管癌细胞株中,CAT酶的活性均接近阴性水平;9)甲基化及非甲基化的survivin启动子区CpG岛-pCAT3-Enhancer重组载体,转染至食管癌细胞株中,CAT酶的活性均接近阴性水平;10)甲基化及非甲基化的cdc42启动子区CpG岛-pCAT3-Enhancer重组载体,转染至食管癌细胞株中,甲基化的重组载体CAT酶的活性显着低于非甲基化的重组载体CAT酶的活性。结论:1)哈萨克族食管癌癌组织中survivin mRNA水平表达的增高在哈萨克族食管癌的发生、发展过程中起到了一定的作用。4例远端无癌组织中survivin启动子区CpG岛甲基化对应了mRNA的沉默表达,提示在正常组织中启动子区CpG岛甲基化具备调控基因表达的能力。在食管癌细胞株中,survivin启动子区CpG岛的甲基化及非甲基化均导致了CAT的失活。提示在癌组织或癌细胞中,启动子区CpG岛的甲基化可能与基因表达无直接关系,在癌变过程中可能有更多的机制调控了该基因的表达。2)哈萨克族食管癌中cdc42基因mRNA在癌组织和远端无癌组织中阳性表达率及表达水平无差异,提示该基因可能不是参与食管癌发生发展的主要机制。其启动子区CpG岛甲基化状态的阳性率在癌组织和远端无癌组织中也无差异,且甲基化状态与该基因mRNA水平的表达无关。在食管癌细胞株中,cdc42启动子区CpG岛的甲基化降低了下游报告基因CAT酶的活性,而非甲基化使酶保持较高活性。提示cdc42启动子区CpG岛甲基化本身具有调控基因表达的能力,而在哈萨克族食管癌中其启动子区CpG岛甲基化与基因表达无直接关系,说明在癌变过程中可能存在更多的调控机制参与了该基因的表达;3)哈萨克族食管癌中p16mRNA在癌组织和远端无癌组织中均为高表达,p16启动子区CpG岛甲基化比例高达100%,提示p16可能未参与哈萨克族食管癌的发生发展,且甲基化可能不是调控该基因表达的主要分子机制。4)哈萨克族食管癌中,FHIT mRNA在癌组织及远端无癌组织中表达无差异,其启动子区CpG岛甲基化比例及程度均较低,提示FHIT可能未参与哈萨克族食管癌的发生发展,同时低甲基化水平可能未影响FHIT基因的表达。
二、抑癌基因甲基化与肿瘤(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、抑癌基因甲基化与肿瘤(论文提纲范文)
(1)肝癌发生过程中DNA超甲基化修饰调节抑癌基因ZNF334表达的研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
英文缩略词表 |
前言 |
材料和方法 |
一、实验材料 |
二、临床样本与随访资料的收集 |
三、甲基化芯片检测和分析 |
四、研究方法 |
第一部分:肝癌发生过程中DNA甲基化谱系检测和特征分析 |
一、基因组超甲基化改变是癌症早期发生的关键事件 |
二、肝癌发生早期关键抑癌基因的筛选 |
第一部分小结 |
第二部分:DNA超甲基化修饰抑制P53 对下游关键抑癌基因ZNF334的转录激活 |
一、癌症发生过程中基因组甲基化水平下降 |
二、P53 蛋白调控基因 ZNF334 基因表达 |
第二部分小结 |
第三部分:DNA超甲基化修饰的关键抑癌基因—ZNF334的生物学功能 |
一、细胞学实验证实 ZNF334 可抑制肝癌细胞的增殖能力 |
二、体内功能实验证实过表达 ZNF334 可以抑制肿瘤形成 |
第三部分小结 |
第四部分:肝癌组织中ZNF334 表达量及其与患者临床病理特征和预后的关系 |
一、ZNF334 在肝癌组织中的表达降低 |
二、ZNF334 可用于判断肝癌病人的预后 |
第四部分小结 |
讨论 |
参考文献 |
文献综述 DNA甲基化与肿瘤发生研究进展 |
参考文献 |
在读期间发表论文和参加科研工作情况说明 |
致谢 |
(2)食管癌和癌前病变组织中CDKN2A/P16基因DNA甲基化和拷贝数缺失状态及其应用的探索研究(论文提纲范文)
中英文缩略词 |
中文摘要 |
英文摘要 |
引言 |
研究目标 |
总目标 |
阶段目标 |
1. 研究背景 |
2. 材料与方法 |
2.1 研究方案设计 |
2.2 研究样本量 |
2.3 研究对象及信息采集 |
2.4 标本收集 |
2.5 内镜检查及碘染色 |
2.6 标本处理 |
2.7 实验试剂、仪器、耗材 |
2.8 DNA提取及甲基化修饰 |
2.9 P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失的检测 |
2.10 数据采集及实验结果的质量控制 |
2.11 统计学分析 |
3. 研究结果 |
3.1 第一阶段 |
3.1.1 常规取样研究对象的一般情况 |
3.1.2 常规取样研究对象肿瘤部位及分期情况 |
3.1.3 常规取样研究对象的P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失的分布 |
3.1.4 常规取样的P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失一致性 |
3.1.5 常规取样的P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失诊断早期食管癌的准确性 |
3.1.6 常规取样的癌、癌旁组织P16基因DNA甲基化结果对比 |
3.1.7 系统取样研究对象的一般情况 |
3.1.8 系统取样组织的病理诊断结果 |
3.1.9 不同取样深度、位置肿瘤组织的P16基因DNA甲基化情况 |
3.1.10 癌旁活检组织的病理诊断和P16基因DNA甲基化 |
3.2 第二阶段 |
3.2.1 一般情况 |
3.2.2 病变在食管位置的分布 |
3.2.3 食物摄入及饮食习惯相关危险因素 |
3.2.4 食管病变危险因素的多因素Logistic回归分析 |
3.2.5 内镜活检组织的P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失阳性率及其分布 |
3.2.6 内镜活检组织P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失检测结果一致性 |
3.2.7 内镜活检组织P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失对病变的诊断准确性 |
3.2.8 食管脱落细胞P16基因DNA甲基化的分布及与内镜活检组织的比较 |
3.2.9 食管脱落细胞P16基因DNA甲基化对食管病变的诊断准确性 |
3.2.10 基于脱落细胞P16基因DNA甲基化的多因素Logistic回归分析 |
3.3 第三阶段 |
3.3.1 食管海绵球检查人群一般信息 |
3.3.2 食管海绵球检查的人群耐受性 |
3.3.3 食管海绵球检查对粘膜的影响 |
3.3.4 DNA质量及β-ACT基因测定 |
4. 讨论 |
4.1 常规取样组织的P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失阳性率分析 |
4.2 常规取样P16基因DNA甲基化和拷贝数缺失的准确性和一致性 |
4.3 常规取样的癌、癌旁组织的P16基因DNA甲基化情况分析 |
4.4 食管肿瘤异质性对P16基因DNA甲基化的影响 |
4.5 食管病变的危险因素分析 |
4.6 活检组织P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失分布及其影响因素分析 |
4.7 活检组织P16基因DNA甲基化、拷贝数缺失诊断食管病变的准确性 |
4.8 食管脱落细胞P16基因DNA甲基化检测发现食管病变的能力 |
4.9 食管海绵球检查的食管癌初筛可行性分析 |
5. 总结 |
创新性与局限性 |
全文总结 |
参考文献 |
资金资助 |
发表与学位论文相关的英文论文 |
文献综述 |
参考文献 |
个人简历 |
致谢 |
(3)LZTS1蛋白和基因在肺癌中的表达及其基因启动子区甲基化的初步研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
前言 |
1. LZTS1蛋白在肺癌组织中的表达 |
1.1 材料和方法 |
1.2 结果 |
1.3 讨论 |
1.4 小结 |
2. LZTS1基因在肺癌组织、正常肺组织及血浆ctDNA中的表达 |
2.1 材料和方法 |
2.2 结果 |
2.3 讨论 |
2.4 小结 |
3. LZTS1基因编码区检测 |
3.1 材料和方法 |
3.2 结果 |
3.3 讨论 |
3.4 小结 |
4. LZTS1基因启动子区甲基化检测 |
4.1 材料和方法 |
4.2 结果 |
4.3 讨论 |
4.4 小结 |
总结 |
参考文献 |
附录 |
综述 |
参考文献 |
英汉缩略语名词对照 |
攻读学位期间发表论文情况 |
致谢 |
个人简历 |
(4)头颈副神经节瘤基因型和表观遗传型差异分析(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
英文缩略词表 |
绪论 |
1 材料和方法 |
1.1 研究对象以及诊断方法依据 |
1.2 基因突变分析 |
1.3 抑癌基因CpG岛甲基化分析 |
1.4 抑癌基因的转录表达分析 |
2 结果 |
2.1 头颈部神经节瘤患者的基因突变与其临床特征的关联性 |
2.2 头颈部神经节瘤患者抑癌基因CpG岛甲基化与SDHx突变的关联性 |
2.3 Dc R1、DcR2、DR4、DR5 基因启动子在颈静脉球体瘤中甲基化表达情况 |
2.4 DcR1、DcR2、DR4、DR5 基因启动子在颈静脉 球体瘤甲基化情况与临床联系 R5 |
3 讨论 |
4 结论 |
参考文献 |
附录一 综述 颈静脉孔肿瘤的诊断与治疗进展 |
参考文献 |
致谢 |
攻读硕士学位期间发表的论文 |
(5)早期散发性结直肠癌全基因组甲基化谱特征分析及早期诊断标志物的筛选(论文提纲范文)
个人简历 |
缩略词 |
中文摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
1.1 DNA甲基化与表观遗传学 |
1.2 DNA甲基化与结直肠肿瘤 |
1.3 本课题研究背景、内容、技术路线 |
1.3.1 研究背景 |
1.3.2 研究内容 |
1.3.3 研究技术及路线 |
参考文献 |
第一部分 早期散发性结直肠癌全基因组甲基化谱特征分析 |
1.前言 |
2.材料与方法 |
3.实验结果 |
4.讨论 |
参考文献 |
第二部分 基于甲基化芯片的差异甲基化基因的筛选 |
1.前言 |
2.材料和方法 |
3.实验结果 |
4.讨论 |
参考文献 |
第三部分 差异基因在肿瘤、粪便及正常组织中的甲基化差异及对早期散发性结直肠的诊断价值 |
1.前言 |
2.材料和方法 |
3.实验结果 |
4.讨论 |
参考文献 |
全文总结 |
本研究的创新点及意义 |
问题与展望 |
附录1 |
附录2 |
附录3 |
综述2-1 |
1、DNA甲基化检测技术进展 |
2、DNA甲基化与肿瘤 |
3、DNA甲基化检测方法 |
4、DNA甲基化醒 |
参考文献 |
综述2-2 |
参考文献 |
致谢 |
在读期间发表的相关论文 |
(6)抑癌基因甲基化与结直肠癌临床关系的研究进展(论文提纲范文)
0 引言 |
1 DNA甲基化概念 |
2 抑癌基因甲基化与肿瘤关系 |
3 CIMP与CRC |
4 抑癌基因甲基化与CRC临床病理关系 |
5 临床意义 |
6 结论 |
■背景资料 |
■同行评议者 |
■研发前沿 |
■相关报道 |
■创新盘点 |
■应用要点 |
■同行评价 |
(7)3号染色体短臂抑癌基因CpG岛甲基化表型与胃癌关系的研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
序言 |
参考文献 |
第一部分 RASSF1A 基因启动子甲基化与胃癌风险的 Meta 分析 |
材料与方法 |
结果 |
讨论 |
参考文献 |
第二部分 胃癌中 3 号染色体短臂抑癌基因甲基化表型状态 |
材料与方法 |
结果 |
讨论 |
参考文献 |
第三部分 外周血中 3 号染色体短臂抑癌基因甲基化表型状态与胃癌易感关系的病例-对照研究 |
材料与方法 |
结果 |
讨论 |
参考文献 |
结论 |
综述 |
参考文献 |
攻读学位期间发表的论文 |
英文缩略词表 |
致谢 |
(8)PTEN甲基化在骨肉瘤发生中的作用及5-Aza-CdR去甲基化对其MG-63细胞生物学行为的影响(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
目录 |
缩略词表 |
前言 |
第一部分 骨肉瘤中PTEN的甲基化情况及其与相关临床病理参数的关系 |
研究背景 |
材料与方法 |
1、实验材料 |
1.1 研究对象 |
1.1.1 标本组织来源 |
1.1.2 临床病理资料 |
1.2 主要实验仪器及材料 |
1.3 主要实验试剂 |
1.4 其他常用试剂 |
1.5 主要配制试剂 |
2、实验方法 |
3、统计学分析方法 |
结果 |
1、骨肉瘤组织病理形态学情况 |
2、骨肉瘤组织中PTEN蛋白表达情况 |
3、骨肉瘤组织中PTEN的甲基化情况 |
4、PTEN启动子区高甲基化与临床病理参数之间的关系 |
讨论 |
1、DNA甲基化与肿瘤的关系 |
2、DNA甲基化检测方法的选择及评价 |
3、PTEN及其甲基化与肿瘤的关系 |
4、PTEN高甲基化与骨肉瘤发生的关系 |
5、PTEN高甲基化与临床病理参数的关系及其对预后的影响 |
结论 |
第二部分 5-Aza-CdR去甲基化对人骨肉瘤MG-63细胞生物学行为及PTEN甲基化的影响 |
研究背景 |
材料与方法 |
1、实验材料 |
2、实验方法 |
3、结果评定及图像分析方法 |
4、统计学分析方法 |
结果 |
1、MG-63、SAOS-2和U_2-OS细胞中PTEN的甲基化情况 |
2、5-Aza-CdR完全去除MG-63细胞PTEN甲基化的最佳浓度和时间 |
3、5-Aza-CdR去甲基化对MG-63细胞生物学行为的影响情况 |
4、5-Aza-CdR处理前后MG-63细胞中PI3K及AKt蛋白的表达变化 |
讨论 |
1、5-Aza-CdR的去甲基化作用机制探讨 |
2、5-Aza-CdR对MG-63细胞PTEN甲基化及行为学的影响 |
3、5-Aza-CdR对骨肉瘤中PTEN_PI3K/AKt信号转导通路的影响 |
结论 |
第三部分 5-Aza-CdR去甲基化对裸鼠模型移植瘤PTEN表达及其甲基化的影响 |
研究背景 |
材料与方法 |
1、实验材料 |
2、实验方法 |
3、结果评定及图像分析方法 |
4、统计学分析方法 |
结果 |
1、荷瘤裸鼠模型成瘤情况及动态观测结果 |
2、两组移植瘤组织病理形态学情况 |
3、两组移植瘤IHC免疫组织化学检测结果 |
4、荷瘤裸鼠模型经5-Aza-CdR作用后移植瘤中PTEN蛋白表达比较 |
5、MSP检测两组移植瘤中PTEN甲基化的情况 |
讨论 |
1、骨肉瘤移植性肿瘤模型方法的选择与评价 |
2、5-Aza-CdR的去甲基化作用机制与肿瘤的关系 |
3、5-Aza-CdR去甲基化对裸鼠移植瘤PTEN表达及甲基化的影响 |
结论 |
全文结论 |
参考文献 |
综述一 |
参考文献 |
综述二 |
参考文献 |
攻读学位期间主要的研究成果 |
致谢 |
(9)促进甲状腺激素受体和p16抑癌基因甲基化与乳头状甲状腺癌临床病理的关系(论文提纲范文)
1 材料和方法 |
1.1 研究对象 |
1.2 主要试剂与仪器 |
1.3 实验方法 |
1.3.1 组织DNA的提取及DNA甲基化修饰 |
1.3.2 (巢氏) 甲基化特异性PCR扩增 |
1.3.3 抑癌基因克隆及测序 |
1.4 统计学方法 |
2 结果 |
2.1 两种抑癌基因启动子甲基化分析 |
2.2 测序结果 |
2.3 PTC组2个抑癌甲基化间的关系 |
2.4 两个抑癌基因甲基化与患者临床病理资料之间的关系 |
3 讨论 |
(10)新疆哈萨克族食管癌早期相关基因甲基化分析及功能研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
前言 |
第一部分 消化道肿瘤相关基因survivin,cdc42,p16及FHIT在哈萨克族食管癌中表达的研究 |
研究背景与目的 |
1.研究内容与方法 |
1.1 研究对象及材料 |
1.2 内容与方法 |
1.3 统计学分析 |
2.结果 |
3.讨论 |
4.小结 |
第二部分 哈萨克族食管癌中survivin,cdc42,p16,FHIT启动子区CpG岛甲基化的研究 |
研究背景与目的 |
1.研究内容与方法 |
1.1 研究对象及材料 |
1.2 内容与方法 |
1.3 统计学分析 |
2.结果 |
3.讨论 |
4.小结 |
第三部分 survivin及cdc42启动子区CpG岛重组载体的构建及甲基化状态对报告基因CAT活性的影响 |
研究背景与目的 |
1.研究内容与方法 |
1.1 研究对象及材料 |
1.2 内容与方法 |
2.结果 |
3.讨论 |
4.小结 |
结论 |
创新点 |
致谢 |
参考文献 |
附录 |
综述 |
参考文献 |
攻读博士学位期间发表的学术论文 |
个人简历 |
导师评阅表 |
四、抑癌基因甲基化与肿瘤(论文参考文献)
- [1]肝癌发生过程中DNA超甲基化修饰调节抑癌基因ZNF334表达的研究[D]. 孙大鹏. 中国人民解放军海军军医大学, 2021(09)
- [2]食管癌和癌前病变组织中CDKN2A/P16基因DNA甲基化和拷贝数缺失状态及其应用的探索研究[D]. 秦宇. 北京协和医学院, 2020
- [3]LZTS1蛋白和基因在肺癌中的表达及其基因启动子区甲基化的初步研究[D]. 史抗. 北京市结核病胸部肿瘤研究所, 2019(01)
- [4]头颈副神经节瘤基因型和表观遗传型差异分析[D]. 陈庆峰. 上海交通大学, 2018(01)
- [5]早期散发性结直肠癌全基因组甲基化谱特征分析及早期诊断标志物的筛选[D]. 钟世彪. 广西医科大学, 2015(08)
- [6]抑癌基因甲基化与结直肠癌临床关系的研究进展[J]. 柴秀坤,剧宏燕,白文元. 世界华人消化杂志, 2014(08)
- [7]3号染色体短臂抑癌基因CpG岛甲基化表型与胃癌关系的研究[D]. 史冬涛. 苏州大学, 2014(10)
- [8]PTEN甲基化在骨肉瘤发生中的作用及5-Aza-CdR去甲基化对其MG-63细胞生物学行为的影响[D]. 罗一. 中南大学, 2013(03)
- [9]促进甲状腺激素受体和p16抑癌基因甲基化与乳头状甲状腺癌临床病理的关系[J]. 戴亚丽,蔡德鸿,陈宏,张桦,张震,李静. 首都医科大学学报, 2012(03)
- [10]新疆哈萨克族食管癌早期相关基因甲基化分析及功能研究[D]. 刘玲. 新疆医科大学, 2012(01)